Trong đợt hạn hán nghiêm trọng cuối 2019 đầu năm 2020, hồ Kênh Lấp bị nhiễm mặn, từ chức năng là một hồ trữ nước ngọt biến thành hồ nước mặn,[10] sau đó đến tháng 4[2][5] thì khô cạn nước, thấy cả đáy hồ.[9][13] Hồ Kênh Lấp trước đây là con kênh thông ra sông Ba Lai, nếu nước sông Ba Lai bị mặn thì nước trong kênh Lấp ngay lập tức mặn theo, mặc dù đã cải tạo, ngăn với sông bên ngoài nhưng qua đợt hạn hán của vùng đồng bằng sông Cửu Long, hồ vẫn bị nhiễm mặn.[9] Ghi nhận vào ngày 3 tháng 2 năm 2020, mực nước hồ giảm 1 m và độ mặn đo được là 1,45/nghìn.[3]